目前常用的方法是高温高压灭菌，通过该操作不仅可杀死一般的细菌、真菌等微生物，对芽胞、孢子也有杀灭效果，是可靠、安全、卫生的物理灭菌法。

但是普通的高温高压蒸汽灭菌锅，为了保证中药粉末与灭菌蒸汽的充分接触，保证其传热效率，现实做法一般采用将中药粉末分成多份，分别装入小型的试样瓶中，单一试样瓶中的中药粉末较少，粉末灭菌设备灭菌效率高，但是相对于大批量的灭菌操作，如果采用逐一分成多份，灭菌完成后统一收集的操作，操作繁琐，浪费大量的人力物力；如果采用一次性大批量的中药粉末堆积的灭菌操作，则会造成局部中药粉末堆积过多，灭菌不充分，给企业带来的很大的困扰。